Haaland ble byttet ut noen minutter før slutt.
Det gjenstår tre serierunder i Tyskland, og Bayern har tolv poeng ned til Dortmund på 2.-plass.
Serge Gnabry serverte publikum en herlig 1-0-scoring. Han dempet ballen på brystet og dro så til på direkten fra vel 16 meter.
Etter 28 minutter fikk Haaland en kjempesjanse, men han måtte avslutte med høyrefoten. Ballen forsvant utenfor. I stedet for en utligning for gjestene, gikk vertene opp i 2-0 ikke lenge etter.
Robert Lewandowski slo til etter vel en halvtimes spill. Thomas Müller var nest sist på ballen. Lewandowski gjorde ingen feil alene med keeper.
Haaland fikk ikke ta straffesparket som førte til 1-2-reduseringen. Emre Can gjorde ingen feil etter at Marco Reus ble felt innenfor 16-meteren.
19-åringen Jamal Musiala avgjorde kampen da han ordnet 3-1 etter 83 minutters spill. Scoringen kom fra kloss hold.
Haaland kom til oppgjøret med fem mål på seks kamper mot Bayern München. Svært mye tyder på at han fortsetter karrieren i Manchester City eller Real Madrid fra sommeren av. Beskjeden om framtidsplanen hans kan komme i løpet av en uke eller to.